De var ursprungligen tänkt som en del av alkemi eller protovetenskap (förvetenskap), som senare utvecklades till kemi. Fram till 18-talet användes de tidigare nämnda symbolerna för att beteckna vissa grundämnen och sammansättningar. Symbolerna varierade något i alkemisternas markeringar, så de vi känner till i dag är resultatet av standardiseringen av dessa märken.
Enligt Paracelsus är dessa tecken kända som de tre första:
salt - som betecknar ämnets bas - markerat i form av en cirkel med en tydligt markerad horisontell diameter,
kvicksilver, vilket betyder vätskebindningen mellan hög och låg, är en cirkel med en halvcirkel i toppen och ett kors längst ner,
svavel - livets ande - en triangel förbunden med ett kors.
Följande är symbolerna för jordens element, alla i form av trianglar:
Metaller märkta med symboler för planeter och himlakroppar:
Alkemiska symboler inkluderar också:
Ouroboros är en orm som äter sin egen svans; i alkemin symboliserar den en ständigt förnyande metabolisk process; det är tvillingen till de vises sten.
Heptagram - betyder de sju planeter som var kända för alkemisterna i antiken; deras symboler visas ovan.